Metrikler
Yayın
43
Açık Erişim
2
Eğitim Bilgileri
2014 - 2018
2014 - 2018Doktora
Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
2012 - 2013
2012 - 2013Yüksek Lisans
Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
2008 - 2012
2008 - 2012Lisans
Yıldız Teknik Üniversitesi, Kimya-Metalurji Fakültesi, Biyomühendislik Böl., Türkiye
Yaptığı Tezler
2017
2017Doktora
Theileriosis’in tedavisinde kullanılabilecek yeni bir ilaç adayı tespit etmek için kumarin türevlerinin Theileria annulata enolazını inhibisyon potansiyelinin araştırılması
Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
2013
2013Yüksek Lisans
Fusobacterıum nucleatum’un enolaz enzimini kodlayan genin klonlanması ve analizi
Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Yabancı Diller
İngilizce
Araştırma Alanları
Farmasötik Biyoteknoloji
Biyoinformatik
Biyoteknoloji
Mikrobiyal Biyoteknoloji
Moleküler Biyoloji ve Genetik
Genetik Mühendisliği
Protein Mühendisliği
Akademik Unvanlar / Görevler
2019 - Devam Ediyor
2019 - Devam EdiyorDr. Öğr. Üyesi
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Teknolojisi Bölümü
Yönetimsel Görevler
2024 - Devam Ediyor
2024 - Devam EdiyorFikri ve Sınai Mülkiyet Hakları Koordinatörlüğü Üyeliği
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi
2024 - Devam Ediyor
2024 - Devam EdiyorFikri ve Sınai Mülkiyet Hakları Değerlendirme Kurulu Üyeliği
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi
2024 - Devam Ediyor
2024 - Devam EdiyorÜniversite Seçmeli Dersler Koordinatörlüğü Üyeliği
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi
2022 - Devam Ediyor
2022 - Devam EdiyorEczacılık Fakültesi Akreditasyon Komisyonu Üyeliği
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Teknolojisi Bölümü
2022 - Devam Ediyor
2022 - Devam EdiyorEczacılık Fakültesi Staj Komisyonu Üyeliği
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Teknolojisi Bölümü
2022 - Devam Ediyor
2022 - Devam EdiyorEczacılık Fakültesi Eğitim Öğretim Komisyonu Üyeliği
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Teknolojisi Bölümü
2022 - Devam Ediyor
2022 - Devam EdiyorEğitim Öğretim Komisyonu Çep Alt Komisyonu Koordinatörlüğü
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Teknolojisi Bölümü
2022 - Devam Ediyor
2022 - Devam EdiyorEczacılık Fakültesi Stratejik Planlama-İzleme - Değerlendirme ve Kalite Komisyonu Üyeliği
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Teknolojisi Bölümü
2021 - Devam Ediyor
2021 - Devam EdiyorRektörlük Kalite Komisyonu Üyesi
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Teknolojisi Bölümü
2019 - Devam Ediyor
2019 - Devam EdiyorRektörlük Stratejik Plan Komisyonu Üyesi
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Teknolojisi Bölümü
2019 - 2020
2019 - 2020Anabilim/Bilim Dalı Başkanı
İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Eczacılık Teknolojisi Bölümü
Verdiği Dersler
SCI, SSCI ve AHCI İndekslerine Giren Dergilerde Yayınlanan Makaleler
2025
20251. Nanotechnology-driven enhancement and modulation of immune responses in monkeypox and respiratory syncytial virus nanovaccine research
Niculescu A., Dumitrascu A., Koçer A. T., PELİT ARAYICI P., Yuka S. A., KOÇER S., et al.
Colloids and Surfaces B: Biointerfaces
, cilt.254, 2025 (SCI-Expanded)
2024
20242. Public health challenges after the February 6 earthquakes: A comprehensive review of immediate and long-term impacts in Türkiye
Koçer A. T., Akpek A., Vural A., Aslan A., Erkoç A., Özen A. M., et al.
International Journal of Disaster Risk Reduction
, cilt.114, 2024 (SCI-Expanded)
2023
20233. Identification of novel compounds against Acinetobacter baumannii 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I (FabB) via comprehensive structure-based computational approaches
Albayrak E., KOÇER S., MUTLU Ö.
Journal of Molecular Graphics and Modelling
, cilt.124, 2023 (SCI-Expanded)
2023
20234. Heterologous expression, purification, and partial characterisation of the apicoplast protein 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Toxoplasma gondii
Aygün C., KOÇER S., DANIŞ Ö., ÇUBUK S., MUTLU Ö.
Protein Expression and Purification
, cilt.202, 2023 (SCI-Expanded)
2022
20225. Heterologous expression, biochemical characterisation and computational analysis of Bacteroides fragilis enolase
Ugurel E., KOÇER S., Sariyer E., MUTLU Ö., Inci T. G., Ugurel O. M., et al.
Computational Biology and Chemistry
, cilt.98, 2022 (SCI-Expanded)
2022
20226. Targeting SARS-CoV-2 Nsp12/Nsp8 interaction interface with approved and investigational drugs: an in silico structure-based approach
MUTLU Ö., Ugurel O. M., Sariyer E., Ata O., Inci T. G., Ugurel E., et al.
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, cilt.40, sa.2, ss.918-930, 2022 (SCI-Expanded)
2021
20217. Identification of potential inhibitors of Trichomonas vaginalis iron-containing superoxide dismutase by computer-aided drug design approach
KOÇER S., MUTLU Ö.
Structural Chemistry
, cilt.32, sa.5, ss.1873-1882, 2021 (SCI-Expanded)
2021
20218. In vitro inhibition studies of coumarin derivatives on Bos taurus enolase and elucidating their interaction by molecular docking, molecular dynamics simulations and MMGB(PB)SA binding energy calculation
Sariyer E., KOÇER S., DANIŞ Ö., Turgut-Balik D.
Bioorganic Chemistry
, cilt.110, 2021 (SCI-Expanded)
2020
20209. Hit identification against peptidyl-prolyl isomerase of Theileria annulata by combined virtual high-throughput screening and molecular dynamics simulation approach
Spahi S., MUTLU Ö., Sariyer E., KOÇER S., Ugurel E., Turgut-Balik D.
Computational Biology and Chemistry
, cilt.89, 2020 (SCI-Expanded)
2020
202010. Evaluation of the potency of FDA-approved drugs on wild type and mutant SARS-CoV-2 helicase (Nsp13)
Ugurel O. M., MUTLU Ö., Sariyer E., KOÇER S., Ugurel E., Inci T. G., et al.
International Journal of Biological Macromolecules
, cilt.163, ss.1687-1696, 2020 (SCI-Expanded)
2020
202011. Discovery and evaluation of inhibitory activity and mechanism of arylcoumarin derivatives on Theileria annulata enolase by in vitro and molecular docking studies
Yakarsonmez S., DANIŞ Ö., MUTLU Ö., TOPUZOĞULLARI M., Sariyer E., Yuce-Dursun B., et al.
Molecular Diversity
, cilt.24, sa.4, ss.1149-1164, 2020 (SCI-Expanded)
2019
201912. Functional analyses of dipeptide and pentapeptide insertions on Theileria annulata enolase by site-directed mutagenesis and in silico approaches
Yakarsonmez S., Cengiz E. C., MUTLU Ö., Turgut-Balik D.
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, cilt.1867, sa.7-8, ss.732-739, 2019 (SCI-Expanded)
2018
201813. A study of Bos taurus muscle specific enolase; biochemical characterization, homology modelling and investigation of molecular interaction using molecular docking and dynamics simulations
Sariyer E., KOÇER S., DANIŞ Ö., Turgut-Balik D.
International Journal of Biological Macromolecules
, cilt.120, ss.2346-2353, 2018 (SCI-Expanded)
2016
201614. Comprehensive structural analysis of the open and closed conformations of Theileria annulata enolase by molecular modelling and docking
MUTLU Ö., KOÇER S., Sariyer E., DANIŞ Ö., Yuce-Dursun B., TOPUZOĞULLARI M., et al.
Computational Biology and Chemistry
, cilt.64, ss.134-144, 2016 (SCI-Expanded)
2016
201615. Biochemical and in silico Characterization of Recombinant L-Lactate Dehydrogenase of Theileria annulata
NURAL YAMAN B., ERDEMİR A., MUTLU Ö., KOÇER S., DANIŞ Ö., TOPUZOĞULLARI M., et al.
Molecular Biotechnology
, cilt.58, sa.4, ss.256-267, 2016 (SCI-Expanded)
2016
201616. Cloning, expression and characterization of the gene encoding the enolase from Fusobacterium nucleatum
KOÇER S., Cayir E., MUTLU Ö., NURAL YAMAN B., Sariyer E., TOPUZOĞULLARI M., et al.
Applied Biochemistry and Microbiology
, cilt.52, sa.1, ss.23-30, 2016 (SCI-Expanded)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2024
20241. Salmonella enteritidis UDP-N-asetilglukozamin 1-karboksiviniltransferaz (MurA)’ının farklı homoloji modellerinin karşılaştırılması
Koçer S., Koçer A. T.
7th International Eurasian Conference on Biological and Chemical Sciences (EurasianBioChem 2024), Ankara, Türkiye, 02 Ekim 2024, (Özet Bildiri)
2022
20222. Hit identification against Acinetobacter baumannii FabB via virtual screening, molecular dynamics simulation, and free energy calculations
ALBAYRAK E., KOÇER S., MUTLU Ö.
Royal Society of Chemistry, Chemical Biology Symposium 2022, Londrina, Brezilya, 09 Mayıs 2022, cilt.207890, ss.1-77, (Özet Bildiri)
2020
20203. Drug repositioning to identify SARS-CoV-2 Nsp12/Nsp8 interaction interface inhibitors.
MUTLU Ö., UĞUREL O. M., SARIYER E., ATA O., İnci T. G., Uğurel E., et al.
FEMS 2020 ONLINE CONFERENCE, Sırbistan, 28 - 31 Ekim 2020, (Özet Bildiri)
2020
20204. Identification of Fusobacterium nucleatum 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate Reductoisomerase Inhibitor Candidates by Molecular Docking Analyses
KOÇER S., BALIK D.
Bio-Türkiye-International Biotechnology Congress, 5 - 07 Mart 2020, (Özet Bildiri)
2019
20195. Investigation of Bacteroides fragilis Enolase Inhibitors Using in silico Methods
Uğurel E., YAKARSÖNMEZ S., SARIYER E., MUTLU Ö., UĞUREL O. M., BALIK D.
Eurasian Congress of Molecular Biotechnology (ECOMB 2019), Trabzon, Türkiye, 19 - 21 Eylül 2019, (Özet Bildiri)
2019
20196. Evaluation of Plasmodium vivax and Theileria annulata LDH in Diagnosis
İnci T. G., UĞUREL O. M., YAKARSÖNMEZ S., BALIK D.
Eurasian Congress of Molecular Biotechnology (ECOMB 2019), Trabzon, Türkiye, 19 - 21 Eylül 2019, (Özet Bildiri)
2019
20197. Bacteriodes Fragillis Enolaz Inhibitorü Belirlenmesine Yönelik Sanal Ligand Tarama Ve Moleküler Yanaştırma Çalışmaları
Uğurel E., YAKARSÖNMEZ S., SARIYER E., MUTLU Ö., UĞUREL O. M., BALIK D.
31. Ulusal Kimya Kongresi, İstanbul, Türkiye, 10 - 13 Eylül 2019, (Özet Bildiri)
2019
20198. Plasmodium vivax LDH’Inın Tanı Kiti Geliştirilmesi Amacıyla Saflaştırılması
İnci T. G., UĞUREL O. M., YAKARSÖNMEZ S., BALIK D.
31. Ulusal Kimya Kongresi, İstanbul, Türkiye, 10 - 13 Eylül 2019, (Özet Bildiri)
2018
20189. Comparative Modelling and Molecular Dynamic Simulation of Bacteriodes fragillis Enolase
Uğurel E., YAKARSÖNMEZ S., SARIYER E., MUTLU Ö., UĞUREL O. M., BALIK D.
6th International BAU Drug Design Congress, Istanbul, Turkey, 13 - 15 Aralık 2018
2018
201810. A Structure-Based Drug Design Study Interactions of Bos taurus Enolase and Coumarin Derivatives Through Molecular Docking and Molecular Dynamic Simulation
SARIYER E., YAKARSÖNMEZ S., DANIŞ Ö., BALIK D.
6th International BAU Drug Design Congress, Istanbul, Turkey, 13 - 15 Aralık 2018
2018
201811. Cloning, heterologous expression and purification of Toxoplasma gondii FabG (3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase) enzyme
Aygün C., YAKARSÖNMEZ S., MUTLU Ö.
1.Euroasia Biochemical Approaches Technologies Congress (EBAT 2018), Antalya, Turkey, Türkiye, 27 - 30 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201812. Structural Modelling and Molecular Docking Analysis of Trichomonas vaginalis Iron-Containing Superoxide Dismutase towards Computer-Aided Drug Design
KOÇER S., MUTLU Ö.
1st Eurasia Biochemical Approaches & Technologıes (1. EBAT), Türkiye, 27 - 30 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201813. Biyo-Aktif Polimerler ile Biyolojik Moleküllere Dayalı Tanı ve Tedavi Yöntemlerinin Ultra-Hızlı Biyoortogonal Tepkimelerle Geliştirilmesi
ATEŞ M. Y., ÇETİNKAYA A., YAKARSÖNMEZ S., UĞUREL O. M., BALIK D., ERCAN Ç., et al.
6. Ulusal Biyomühendislik Öğrenci Kongresi,İstanbul, 5-6 Nisan 2018, Türkiye, 5 - 06 Nisan 2018, (Özet Bildiri)
2017
201714. Trichomonas vaginalis Tedavisinde in silico Analizlerle Yeni Aday İlaçların Belirlenmesi İçin 14-3-3 Proteininin Modellenmesi
YAKARSÖNMEZ S., MUTLU Ö., BALIK D.
19. UluslararasıKatılımlı Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, Eskişehir, 1 -3 Aralık 2017., Türkiye, 1 - 03 Aralık 2017, (Özet Bildiri)
2017
201715. In silico Analyses of both Wild Type and Mutant TaPIN1 towards New Drug Discovery
Spahi S., SARIYER E., MUTLU Ö., YAKARSÖNMEZ S., BALIK D.
5th International BAU-Drug Design Congress, Istanbul, Turkey, 19 - 21 Ekim 2017
2017
201716. Preparation of Concanavalin a Decorated P(PEGMA-co-NMAS) Polymeric Surfaces and Utilization in Bacterial Cell Detection
DEVECİ G., YAKARSÖNMEZ S., BALIK D., KAHVECİ M. Ü.
APME 17 Advanced Polymers via Macromolecular Engineering, Ghent, Belgium, 21 - 25 Mayıs 2017
2017
201717. Using an Alternatie System to Improve Expression Level of Recombinant Lactate Dehydrogenase from Plasmodium vivax
İnci T. G., UĞUREL O. M., YAKARSÖNMEZ S., BALIK D.
IVEK 3 rd International Convention of Pharmaceuticals andPharmacies, Istanbul, Turkey, 26 - 29 Nisan 2017
2017
201718. Cloning of Peptiyl Prolyl cis/trans Isomerase from Theileria annulata
Spahi S., ERDEMİR A., YAKARSÖNMEZ S., SARIYER E., Uğurel E., Aktaş M., et al.
IVEK 3 rd International Convention of Pharmaceuticals and Pharmacies, Istanbul, Turkey, 26 - 29 Nisan 2017
2017
201719. Molecular docking analyses of coumarin derivatives as Theileria annulata enolase inhibitors
YAKARSÖNMEZ S., MUTLU Ö., DANIŞ Ö., BALIK D.
5th International BAU-Drug Design Congress, Istanbul, Turkey, 19 Ekim - 21 Nisan 2017
2016
201620. Comprehensive Computational Analysis of Theileria annulata Enolase by Comparative Modeling and Docking
MUTLU Ö., YAKARSÖNMEZ S., SARIYER E., DANIŞ Ö., Yüce-Dursun B., TOPUZOĞULLARI M., et al.
17th European Congress on Biotechnology, Krakow, Poland, 3 - 06 Temmuz 2016
2015
201521. Theileria annulata’nın Laktat Dehidrogenaz Enziminin Optimum pH Değerinin Belirlenmesi ve Termal Stabilite Analizi
NURAL YAMAN B., YAKARSÖNMEZ S., ERDEMİR A., BALIK D.
4. UlusalMoleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, Afyon, 21 -24 Ağustos 2015., Türkiye, 21 - 24 Ağustos 2015, (Özet Bildiri)
2015
201522. Theileria annulata Enolaz Enziminin Uygun Stabilizatörler Kullanılarak Depolama Koşullarının Belirlenmesi
YAKARSÖNMEZ S., DANIŞ Ö., MUTLU Ö., Yüce-Dursun B., TOPUZOĞULLARI M., AKBULUT E., et al.
4. Ulusal Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Kongresi, Afyon, 21 -24 Ağustos 2015., Türkiye, 21 - 24 Ağustos 2015, (Özet Bildiri)
2014
201423. Optimum pH Determination and Thermostability Analysis of Recombinant Fusobacterium nucleatum Enolase Enzyme
YAKARSÖNMEZ S., NURAL YAMAN B., SARIYER E., BALIK D.
International Symposium on Molecular Chemistry, Istanbul, Turkey, 19 Aralık 2014
2014
201424. Fusobacterium nucleatum’xxun enolaz enziminin yüksek saflıkta üretilmesi
YAKARSÖNMEZ S., Çayır E., SARIYER E., BALIK D.
22. Ulusal Biyoloji Kongresi, Eskişehir, 23-27 Haziran 2014, Türkiye, 23 - 27 Haziran 2014, (Özet Bildiri)
2014
201425. Kinetic evaluation of enolase enzyme from Fusobacterium nucleatum towards new drug design studies
YAKARSÖNMEZ S., Çayır E., SARIYER E., BALIK D.
2nd International BAU-Drug Design Congress, Istanbul, Turkey, 17 - 19 Nisan 2014
2014
201426. Fusobacterium nucleatum Enolaz Enziminin Moleküler Modelinin Oluşturulması
YAKARSÖNMEZ S., MUTLU Ö., BALIK D.
2. İlaç Kimyası, Üretimi, Teknolojisi ve Standardizasyonu Kongresi, Türkiye, 21 - 23 Mart 2014, (Özet Bildiri)
2013
201327. Cloning and sequence analysis of enolase gene from Fusobacterium nucleatum
YAKARSÖNMEZ S., Çayır E., SARIYER E., Milward M. R., Cooper P. R., BALIK D.
2nd International Congress of Molecular Biology Association of Turkey, Istanbul, Turkey, 22 - 23 Kasım 2013
Desteklenen Projeler
2023 - 2025
2023 - 2025In silico olarak tespit edilecek T. annulata laktat dehidrogenaz inhibitörlerinin in vitro olarak değerlendirilmesi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
Koçer S., Mutlu Ö., Akar S., Danış Ö., Uğurel E., Uğurel O. M., et al.
2023 - 2024
2023 - 2024Gypsophila pallida Stapf. ve Endemik Gypsophila tuberculosa Hub.-Mor. Taksonlarından Asetilkolinesteraz (AChE) ve Bütirilkolinesteraz (BChE) Aktivite Yönlendirmeli Aktif Bileşiklerin İzolasyonu
TÜSEB A Grubu Acil AR-GE Projesi
Servi H. (Yürütücü), Danış Ö., Gören N., Koçer S.
2021 - 2024
2021 - 2024Neisseria Gonorrhoeae DXR'sini Hedefleyen Yeni İnhibitörler
Diğer Uluslararası Fon Programları
Koçer S., Mutlu Ö., Uğurel E., İnci T. G., Uğurel O. M., Topuzoğulları M., et al.
2021 - 2022
2021 - 2022Helicobacter pylori enfeksiyonu için ilaç hedefi olarak FabI'nın rekombinant olarak eldesi ve analizi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
Koçer S., Abamor E. Ş., Uğurel O. M., Atlı R., Mutlu Ö., İnci T. G., et al.
2018 - 2020
2018 - 2020Bacteriodes fragilis Enolazının in vitro ve in silico Analizi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
Koçer S., Mutlu Ö., Uğurel E., Sarıyer E., Balık D.(Yürütücü)
2015 - 2017
2015 - 2017Bos taurus Enolaz Enziminin Yapıya Dayandırılmış İlaç Tasarımı Yönünde Yapısal, Moleküler ve Enzimatik Analizlerinin Yapılması
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
Koçer S., Sarıyer E., Yüce-Dursun B., Danış Ö., Balık D.(Yürütücü)
2014 - 2016
2014 - 2016